En 1956, el crítico de arte Rafael Squirru funda el Museo de Arte Moderno. Durante los primeros años, el Museo funciona sin sede fija en diferentes galerías y espacios de arte de la ciudad de Buenos Aires. Recién en 1960 el Museo se instala en el Teatro San Martín. A partir de ese momento, empieza a recibir y a adquirir su patrimonio documental y así se va conformando la biblioteca, hemeroteca y archivos, que se mantienen hoy en día. En esos años la Biblioteca comienza a generar un Archivo con tres grandes fracciones: las Carpetas de Actividades, los Sobres de Artistas y la Fototeca.

Ya en 1968, ingresa a la Biblioteca el fondo personal del crítico de arte José León Pagano. Este crítico de arte había constituido su archivo personal a lo largo de las décadas del 20, 30 y 40 como parte de su trabajo de investigación periodística, así como para la preparación de sus libros. Posteriormente, ingresaron el Fondo Personal Ignacio Pirovano -en los 80- y de Alberto Heredia -recientemente-.

Es difícil de saber si la voluntad de generar un Archivo Institucional y aceptar un Fondo Personal de un crítico de arte fueron decisiones operadas desde una política institucional clara, determinada, con una misión específica respecto del patrimonio documental. Pero el gesto de reunir y organizar sobrevivió y esto permite que hoy en día un investigador local o extranjero pueda estudiar, por ejemplo, las políticas institucionales de los años 60. Según el testimonio de una persona que estuvo a cargo de la Biblioteca entre fines de los 60 hasta los 90, las líneas de trabajo y decisiones se desarrollaron desde la propia Biblioteca con la intención de disponer de información para los equipos internos y desde los inicios el acervo estuvo abierto a la consulta pública.

Desde 2017, con la implementación de AtoM comenzó un trabajo de reestructuración y reflexión de los fondos y de los series, por sobre todo, se buscó constituir una mejor estructura al acervo que permitiera una mayor legibilidad de lo que reúne y de su historia archivística.